一是按费用支出形式分类，分为直接物流费用和间接物流费用。直接物流费用是由企业直接支付，间接物流费用是企业把物流活动委托他人而支付给他人的物流费用。这两个大项又可以详细分为材料费、人工费、差旅费、维护费用等。这种分类方法与财务统计方法相一致，优点是便于检查物流费用在各项日常支出中的数额和所占比例，最适合用于企业物流费用管理。
二是按物流活动的基本构成分类，分为物流环节费用（包括运输费、包装费、装卸费、保管费、加工费等）。
另外还可以按物流的整个运作过程分类，包括企业物流活动的筹备费用、企业生产物流费用、销售物流费用和逆向物流费用等。
在企业物流活动的过程中，管理人员可以结合本企业的实际物流状况和企业注重的不同侧面，采取不同的分类方法，其共同目的在于控制物流费用。
